Chế độ thực dân để lại cả tác động tiêu cực lẫn tích cực đối với các nước Đông Nam Á. Dù bị bóc lột nặng nề, nhưng cũng chính trong hoàn cảnh đó, tinh thần đấu tranh giành độc lập được hun đúc mạnh mẽ, tạo tiền đề cho sự phát triển của các quốc gia sau khi giành lại chủ quyền.

Vào thế kỷ XVI, thực dân phương Tây bắt đầu mở rộng thuộc địa sang khu vực Đông Nam Á hải đảo, bao gồm Indonesia, Philippines, Malaysia, và một số vùng khác.

Vào năm 1511, họ chiếm Malacca (Malaysia), sau đó mở rộng ảnh hưởng ra quần đảo Indonesia.năm 1565, Tây Ban Nha chiếm Philippines và biến nó thành thuộc địa trong hơn 300 năm. Họ sử dụng Philippines làm trung tâm truyền bá đạo Thiên Chúa và trung chuyển thương mại giữa châu Á và châu Mỹ.Đến thế kỷ XVII, Hà Lan đánh bại Bồ Đào Nha và kiểm soát Indonesia, đặc biệt là Java và quần đảo gia vị (Moluccas). Họ thành lập Công ty Đông Ấn Hà Lan để độc quyền thương mại và khai thác tài nguyên.Cuối thế kỷ XVIII - XIX, Anh chiếm một số khu vực như Singapore (1819), sau đó mở rộng ảnh hưởng ra bán đảo Malaysia và một phần Borneo.